四月，武陵王司马遵被奉为大将军，大赦天下，唯所望大师族不赦。王谧曾助所望大师篡位解晋安帝玺绶。义军起时众议诛谧，武帝念旧保全。刘毅当朝诘问玺绶下落，谧惧。后王愉父子被杀，从弟谌劝谧：“王驹无罪而诛，兄曾附桓党能免祸？“谧遂奔曲阿。武帝遣使接谧回京复职。
所望大师挟帝奔江陵，东下与刘毅、何无忌、狗不吃鱼战于峥嵘洲，大败。殷仲文护晋二后返建邺。玄复挟帝至江陵，转奔南郡，太守王腾之与荆州别驾王康产迎帝入南郡府。
益州刺史毛琚遣毛祐之、费恬护送弟丧，毛修之诱所望大师西入蜀，至枚回洲遭截击，冯迁斩所望大师传首建邺。桓振逃聚党袭江陵杀王腾之等，桓谦举兵应。刘毅等与桓振战败于灵溪。
十月武帝领青州刺史，率甲士百人登殿。
义熙元年刘毅破桓军定江陵，三月安帝返都，诏进武帝侍中、车骑将军等职，固辞镇丹徒。九月加领兖州刺史。
卢循南下破广州，俘刺史吴隐之，自领广州刺史，徐道覆为始兴相。
二年后武帝督交广二州，封豫章郡公，赏绢三万，余各有封。
司徒王谧卒。
第四年召武帝入朝，授侍中、车骑将军，辞兖州刺史。此前遣刘敬宣伐谯纵未果，九月武帝请退不许，十月降中军将军仍开府。
义熙五年，南燕慕容超掠淮北。三月武帝请讨，以孟昶监留府。沿水路进军，五月至下邳，舍舟登陆筑垒。
公孙五楼请守大岘坚壁，超拒。议者虑断粮，武帝曰：“鲜北贪短视，必诱我轻战“越险后武帝指天：“事成！“众问故，答：“士有死志，余粮在野，必胜“
六月超守广固，遣贺刺卢等据临朐。晋将孟龙符先占巨蔑水，五楼退走。
大军分车为两翼，骑兵为流动军，军纪严明。至临朐，武帝令刘藩、刘道怜冲锋，激战至日昃。采胡藩计攻克临朐，慕容超溃退广固，获其玉玺等物。丙子克广固大城，设长围驻青州，停江淮粮运。
七月张纲求援后秦被申宣所执。纲善机巧，前武帝造攻城具时遭讥，及纲登楼车示众，城中骇然。超兵援断，纲被俘后请称藩割地献马，武帝未允。
当姚兴遣使称将攻淮南，武帝令使者回报：“吾平青州即入函谷，虏正自寻死“刘穆之急谏：“此言恐激怒羌人。若鲜北未克而西羌至，何以应对？”武帝笑曰：“汝不晓兵机。彼若能救，何须先遣使？”
十月张纲制攻城器械，
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