不久之后，都御史鄢茂金出巡浙江，一路上到处索要贿赂，在途经淳安时海瑞说本县太小无法接待，请你绕路吧。鄢茂金也听说过海瑞的名声，本着惹不起但是躲得起的原则绕道而去。
海瑞当时本应升任通判，但是因为得罪了鄢茂金，不仅失去了升迁的机会，甚至连知县都当不了。在友人的帮助下，海瑞被调任到江西兴国任知县，依然得到当地百姓爱戴。
由于海瑞品行刚正，名望很高，因而在两年之后，海瑞升任户部云南司主事，前往BJ赴任。
此时明世宗朱厚熜已经有20多年没上朝了，整日在西苑炼丹修道，贪官污吏横行，百姓民不聊生。一向不阿的海瑞感到非常愤慨，毅然上书进谏，这就是闻名一时的《治安疏》。
天下不知陛下久矣，嘉靖者言家家皆净而无才用也。朱厚熜读完大怒，立即下旨让锦衣卫把海瑞抓进天牢。海瑞早都知道这封奏章递上去以后会有什么后果，因而提前就买好了棺材。但他还是遭受到了一连串的精神打击，他的两个儿子突然去世，妻子王氏自杀。
不久明世宗朱厚熜驾崩，海瑞痛哭不已，这不仅是为了自己哭，也是为了百姓和社稷而哭。新继位的明穆宗朱载垕将海瑞释放，官复原职。
三年后，海瑞晋升为右佥都御史，巡抚应天府。应天府就是今天的NJ市，在明朝迁都北京后，南京就成了官员们养老享乐的地方。海瑞一到南京就开始整顿这里的奢侈风气，上至勋贵，下至小吏，都夹着尾巴做人，不敢招惹这位海青天。
海瑞到任以后大力推广一条鞭法，兴修水利，疏浚吴淞江，并强令江南的权贵将兼并的土地退还给农民，就连前首辅徐阶也不得不按照海瑞的要求退还侵占的土地。
此外，海瑞还鼓励寡妇改嫁，禁止溺婴，对官员的生活也做出了诸多限制。海瑞当时虽已位居巡抚，但是生活依然非常节俭。然而当时的官员并没有海瑞这样高的道德水平，他们指责海瑞迂腐，包庇刁民，鱼肉近民，于是明神宗将他调离了应天巡抚，给了个闲职。
江南百姓一听海瑞要走，纷纷哭天抢地，把海瑞的画像放在家里供奉。不久后海瑞因被高拱排挤，辞职归乡，这一走就是10多年。期间很多人都举荐过海瑞，但是一直没有被再次启用，直到1584年，明神宗万历重新启用海瑞，任命他为南京都察院御史。
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当时海瑞早已是闻名于天下，百姓敬仰他为民做主，而
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